Teilnehmer des Hackathons. © Katrin Boes / MPI-CBG
Vom 7. bis 11. September 2026 trafen sich Experten für Bioimaging am Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik (MPI-CBG) und am Zentrum für Systembiologie Dresden (CSBD) für eine Woche, um gemeinsam die OME-Zarr Software weiterzuentwickeln. Fünfzehn internationale Entwickler für Forschungssoftware nahmen am OME-Zarr-Hackathon teil.
In der Bioimaging-Community setzt sich OME-Zarr zunehmend als Standard für die Speicherung, den Austausch und die Visualisierung von Bilddaten durch. OME-Zarr ist ein offenes, cloudfähiges Format, das große Mikroskopiebilder als in Blöcke unterteilte Daten mit mehreren Auflösungen und den dazugehörigen Metadaten speichert, sodass Teile eines Datensatzes gelesen werden können, ohne diesen vollständig laden zu müssen. Während einige Tools bereits umfassende Unterstützung bieten, befinden sich andere noch in den frühen Phasen der Einführung.
Stefan Hahmann, einer der Organisatoren des Hackathons und Softwareentwickler in der Gruppe von Pavel Tomancak am MPI-CBG, sagt: „Mikroskopiedaten sollten nicht an das Tool gebunden sein, mit dem sie erstellt wurden. OME-Zarr möchte der Community ein gemeinsames Format zur Verfügung stellen, und in dieser Woche in Dresden geht es darum, sicherzustellen, dass die Implementierungen die Lücken zur existierenden Spezifikation schließen. Dafür ist es wichtig, dass die Entwickler-Community rund um Fiji/Java, Python und die OME-Zarr-Spezifikation zusammenkommen, um eine ganze Woche lang die bestehenden Werkzeuge voranzubringen.“
Vladimír Ulman, Mitorganisator des Hackathons und Forscher am CEITEC in Brno und am Nationalen Supercomputing-Zentrum IT4Innovations in Ostrava, sagt: „Ein Hackathon wie dieser lässt sich nur schwer durch Online-Treffen ersetzen, und wir sind sehr dankbar, dass das MPI-CBG und das CSBD beide Gastgeber sind. Die Arbeit, die wir diese Woche an OME-Zarr und den dazugehörigen Tools leisten, ermöglicht eine schnelle und energieeffiziente Bildverarbeitung – ein Schwerpunkt meiner Arbeit im Bereich Supercomputing. Das Treffen hier in Dresden macht das Ganze noch besser, da es unseren kollektiven CO₂-Fußabdruck durch Reisen deutlich reduziert.“
Der Hackathon wird von der Chan Zuckerberg Initiative, vom CEITEC – Central European Institute of Technology in Brno, Tschechien, sowie von German BioImaging – Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V. (GerBI-GMB e.V.) unterstützt.