© Katrin Boes / MPI-CBG
Es wird zur Tradition: Drei erfolgreiche EMBO-Praxiskurse zur Lichtscheibenmikroskopie (light sheet microscopy) in den Jahren 2014, 2016 und 2018 waren die Inspiration für diese neue Ausgabe des Kurses, der vom 11. bis 22. August 2025 am Max-Planck-Institut für molekulare Zellbiologie und Genetik (MPI-CBG) in Dresden stattfand. Der Organisator Pavel Tomancak lud gemeinsam mit den Mitorganisierenden Emmanuel Reynaud (Da Vinci Labs), Sebastian Bundschuh (MPI-CBG), Marina Cuenca (EMBL Barcelona) und Olaf Selchow (Freiberufler) 16 Studenten, 13 erfahrene Dozenten, 15 hochkarätige Referenten und 10 Unternehmen ein. Mit vor Ort waren 14 verschiedene Mikroskope und zwei Bildverarbeitungsserver.
Die Lichtscheibenmikroskopie bietet neue Möglichkeiten, biologische Prozesse mit beispielloser Bildgebungsgeschwindigkeit oder vollständiger Erfassung ganzer Organe und Organismen zu untersuchen. Die Forschenden benötigen jedoch eine fortgeschrittene Ausbildung, um die technologischen und rechnerischen Herausforderungen der Lichtscheibenmikroskopie zu beherrschen. Der stark interdisziplinär ausgerichtete Kurs behandelte verschiedene Aspekte der Lichtscheibenmikroskopie, darunter Probenvorbereitung, Mikroskopaufbau, Physik der Lichtscheibe, Langzeit-Live-Bildgebung, Bildverarbeitung, Hochleistungsrechnen und IT-Herausforderungen bei grossen Bilddatenmengen.
Die Studierenden konnten sowohl kommerzielle als auch selbstgebaute Geräte ausprobieren, um sich mit den verschiedenen Aspekten der Lichtscheibentechnologie vertraut zu machen. Das Highlight der diesjährigen Lichtscheiben-Hardware war das Flamingo Light Sheet-System, das von Jan Huisken, einem ehemaligen Gruppenleiter am MPI-CBG, entwickelt wurde.
Von Modellorganismen wie Zebrafischen bis hin zu Arabidopsis-Pflanzen setzten die Studierenden die verfügbaren Lichtscheiben-Systeme für eine breites Spektrum an Proben ein. Während des gesamten Kurses wurden alle Proben mit Hilfe der Lichtscheibentechnologie abgebildet, wodurch mehr als 80 Terabyte an Rohbilddaten entstanden. Die Verarbeitung, Visualisierung und Analyse dieser Daten nahm einen großen Teil des Kurses ein und dauerte oft bis in die frühen Morgenstunden.