Schnitt durch eine elektronenmikroskopische Schnittserie des Gehirns einer Fruchtfliegenlarve - bevor (links) und nachdem (rechts) die Deformationen der einzelnen Schnitte entfernt wurde.
Die Anatomie grosser biologischer Strukturen wird häufig aus Schnittserien mit Hilfe hochauflösender Mikroskopie rekonstruiert. Es ist unvermeidlich, dass dabei die einzelnen Schnitte unkontrolliert deformiert werden - je dünner (bis zu 40nm), desto schlimmer. Diese Deformationen erschweren die präzise Rekonstruktion der 3D-Anatomie erheblich. Forscher des MPI-CBG haben nun eine Methode entwickelt, um die Deformationen in-silico, also im Computer, aus den Schnittaufnahmen zu entfernen und damit das ursprüngliche Volumen zu rekonstruieren.
Die Methode ist durch die Open-Source Bildverarbeitungsumgebung Fiji frei verfügbar. Ihre Hauptanwendung ist derzeit die Rekunstruktion von präzisen Schaltplänen neuronalen Gewebes mit Hilfe serieller Elektronen- oder Lichtmikroskopie (Array Tomography).
Das Projekt ist eine Zusammenarbeit mit Albert Cardona, früher am Züricher Institut für Neuroinformatik (INI), jetzt am HHMI Janelia Farm, USA. Die elektronenmikroskopischen Aufnahmen wurden von Richard Fetter, HHMI Janelia Farm, generiert. Die Array-Tomography-Serie stammen aus dem Labor von Stephen Smith, Stanford.
Ihre Ergebnisse veröffentlichten die Forscher in der Zeitschrift Nature Methods.