Das MPI-CBG ist international in seinem Bereich durchaus eines der führenden Institute mit hohem wissenschaftlichen Output; mittlerweile ist es aber auch für seine außergewöhliche Organisationsstruktur bekannt. Diese neuartige Struktur teilt Ressourcen nicht mehr einzelnen von Direktoren geleiteten Abteilungen zu. Die Forschung erfolgt in einem interaktiven Netzwerk aus gleichberechtigten Arbeitsgruppen mit flachen Hierarchien. Die "Faculty" ist das Gremium am MPI-CBG, das Organisatorisches auf Institutsebene diskutiert und wichtige Informationen zusammenführt bzw. in alle Kanäle streut. Ihr gehören alle Direktoren, Forschungsgruppenleiter, Serviceleiter, der Institutskoordinator (Chief Operating Officer) sowie Vertreter verschiedenster Interessengruppen - wie etwa der Doktoranden oder Postdocs - als Mitglieder an.

Auf diese Weise werden die Hierarchien möglichst flach gehalten und unabhängige, kreative Köpfe multipliziert - alle Mitarbeiter können die Richtung des Instituts mitbestimmen. Kontinuität wird von den Direktoren verkörpert, während die recht hohe Fluktuation unter den übrigen wissenschaftlichen Mitarbeitern dem Institut die notwendige Flexibilität für immer neue Ideen und frischen Wind gibt.

Das Budget wird direkt zwischen den Direktoren und Forschungsgruppenleitern aufgeteilt. Außerdem hat das MPI-CBG Services und Facilities eingerichtet, die die zentrale Infrastruktur für den Forschungbetrieb bereitstellen und den Forschern modernste und mitunter kostenintensive Technologien zugänglich machen. Die Services und Facilities sind unabhängig von den Direktoren und Forschungsgruppenleitern und werden unter anderem dadurch finanziert, dass ihre Inanspruchnahme den Nutzern in Rechnung gestellt wird - ein Modell, das sich sehr bewährt hat. Denn es macht die Services und Facilities für die Forschungsgruppen berechenbar, es stellt sicher, dass sie den Bedürfnissen der Forscher und den hohen Qualitätsanforderungen gerecht werden, und es macht Kosten transparent.